高三体育合格证的作用主要体现在以下几个方面：

高中毕业要求：

体育合格性考试成绩是普通高中学生毕业和普通高中同等学力认证的重要依据。如果学生在运动参与、体质健康测试和运动技能测试三项成绩中有一项不合格或缺考，其成绩将视为不合格，不得颁发毕业证书。

综合素质评价：

在一些学校或地区的综合素质评价中，体育成绩可能会被作为评价学生综合素质的一部分。虽然体育合格证本身不直接决定毕业，但良好的体育成绩有助于提升学生的综合素质评价，从而可能会在升学、奖学金评选等方面占有优势。

大学体测要求：

对于大学生而言，体育合格证书与其体测成绩、奖助学金、各种先进模范等的评定有着密切关系。如果体测成绩过低，可能会丧失评优评先的资格，与评优评先失之交臂。

综上所述，高三体育合格证对于确保学生顺利毕业和可能在综合素质评价及大学入学等方面获得优势具有一定的作用。建议学生在高三期间重视体育课程和测试，争取取得合格成绩。