河海大学设有多个独立学院，包括：

河海大学文天学院：

位于安徽省马鞍山市，是一所全日制普通本科独立学院。

河海大学海洋学院：

拥有海洋科学博士后流动站，海洋科学一级学科博士和硕士学位授权点。

河海里尔学院：

中外合作办学机构。

大禹学院：

拔尖人才培养学院。

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