南通大学的冷门专业主要包括以下几类：

马克思主义理论

该专业被认为是科学的世界观和方法论，反映了客观世界特别是人类社会的本质和规律。然而，由于其学术性和理论性，在就业市场上相对较少被优先考虑，因此被视为冷门专业。

日语专业

南通大学日语专业的招生人数相对较少，就业市场竞争激烈，因此也被视为冷门专业。然而，随着中日关系的不断发展，日语专业的需求逐渐增加，未来可能会有更多的就业机会。

殡葬专业

由于受封建思想的影响，殡葬专业可能会给人带来负面的印象，导致该专业的学生在社交和就业方面遇到困难，因此可以被认为是冷门专业。

哲学专业

哲学专业因其高针对性和理论性，限制了择业选择范围，对口工作岗位较少，因此可能被视为冷门专业。

博物馆学专业

与考古和文物相关的专业常常被认为是冷门，因为这些领域可能面临招生不足的问题。

这些冷门专业各有其特点和挑战，选择这些专业时，学生需要综合考虑自己的兴趣、职业规划以及社会需求等因素。尽管这些专业在就业市场上可能面临一定的竞争，但它们也有其独特的学术价值和未来发展的潜力。