清华大学有多个专业被认为是最好的，具体如下：

建筑学：

清华大学建筑学科历史悠久，由著名建筑学家梁思成先生于1946年创办，在教育部组织的多次专业教育评估中多次以优秀成绩首批通过评估，并保持全国一级重点专业学科的地位。

计算机科学与技术：

清华大学计算机科学与技术系成立于1958年，经过50多年的努力和发展，已成为中国高校计算机科学领域教学科研实力过硬、影响力较大的计算机系。

电子信息工程：

该专业在教育部第四轮学科评估中表现优异，属于A+类学科。

土木工程：

土木工程系是清华大学最早成立的工程系科之一，也是最受用人单位欢迎的工科系之一。

机械工程：

机械工程系是清华大学最早成立的工科系之一，为国家的科技发展造就了大批优秀人才。

电气工程及其自动化：

该专业隶属于电机工程与应用电子技术系，清华大学以高压电闻名，电气工程专业也是最好的，学习深度大，就业领域广。

材料科学与工程：

该专业由化工系无机非金属材料专业、工程物理系材料物理专业和机械工程系金属材料专业组成，拥有一支高水平的师资队伍，取得了一批高水平的科研成果。

环境科学与工程：

该专业在教育部第四轮学科评估中表现优异，属于A+类学科，涵盖了环境工程、环境科学等多个方向。

经济与金融：

清华大学的金融专业师资力量雄厚，毕业生通常有机会找到非常好的工作，因为清华大学与汇丰等各大银行建立了人才输送联系。

数理基础科学：

数理基科班是清华大学的一个优势专业，培养了大量优秀的数理人才。

自动化：

自动化系也是清华大学的一个强项，尤其在工业控制和自动化领域有很高的声誉。

管理科学与工程：

该专业在清华大学中也是一个重要的学科，涵盖了管理科学和工程技术的多个方面。

药学：

八年本硕博连读的医学药学实验班也是清华大学的一个特色专业。

这些专业在学术实力、师资力量、就业前景等方面都有显著优势，因此可以被认为是清华大学最好的专业。具体选择哪个专业，还需根据个人的兴趣和职业规划来决定。