重庆巴蜀中学的高三学生分别在以下校区上课：

黄花园本部校区：

位于重庆市渝中区北区路51号。

金科巴蜀中学校区：

位于重庆市渝北区白杨路36号，主要招收高三理科学生。

龙湖巴蜀学校校区：

位于重庆市渝北区新牌坊加新路1号，主要招收高三文科学生。

建议您根据学生所在的具体学科选择相应的校区，并注意各校区之间的交通路线和联系方式，以便顺利到校。