全国治疗小儿癫痫比较好的三甲医院包括：

中国中医科学院望京医院

以中医骨伤临床为重点，中西医并重，急诊及应急服务能力突出。

首都医科大学附属北京妇产医院

集医疗、教学、科研、预防、保健为一体，以诊治妇产科常见病、多发病和疑难病症为重点。

首都儿科研究所附属儿童医院

以医学基础研究、儿科疾病发病机理研究、儿童保健为重点，承担有医疗、教学和预防任务。

首都医科大学附属北京儿童医院

作为国内顶尖的儿童医院，拥有专业的儿科医生和针对儿童癫痫的专科，设备先进，治疗经验丰富。

北京大学第一医院

设有小儿神经内科，总体学科水平全国领先，率先在国内建立以抗癫痫药为主的儿科药物治疗监测中心。

北京协和医院

在儿科领域享有盛誉，对癫痫病的诊断和治疗也有很高的水平。

这些医院在小儿癫痫的治疗方面都有丰富的经验和专业的医疗团队，建议根据具体需求和地理位置选择合适的医院进行治疗。