给妹妹大学开学送红包的金额应根据以下几个因素来决定：

关系亲疏

如果关系非常亲密，如兄妹关系，可以考虑给1000元或更多，例如10000元，以表达美好的祝愿。

如果关系一般，可以选择2000元左右，寓意好事成双。

个人经济状况

根据自己的经济能力给予适当的金额，避免造成经济压力。

经济条件好可以选择666、888、1688等吉利数字，或者更高金额如5000元。

经济条件一般可以选择300元、500元，或者66元、120元等寓意吉祥的金额。

当地习俗

不同地区可能有不同的习惯和金额标准，了解当地风俗是必要的。

某些数字如666、888、999等被认为吉利，适合作为红包金额。

其他考虑

如果是为了提供实际的经济帮助，可以考虑送2000元左右，这样既表达了祝福，又能实质性地帮助到对方。

避免攀比，随礼时不应互相攀比，重要的是表达祝福的心意。

建议

了解当地习俗：首先了解你所在地区的习俗，这样可以选择一个合适的金额，避免不恰当。

考虑经济状况：根据自己的经济能力来决定金额，不要因为送红包而造成经济压力。

选择吉利数字：可以选择一些吉利数字如666、888、999等，寓意吉祥如意。

表达心意：最重要的是表达你对妹妹的祝福和心意，金额多少并不是最重要的。

综合以上因素，你可以选择一个既符合当地习俗又能表达心意的金额送给妹妹。