南京高校的重点专业排名如下：

南京大学

地质学：A++，全国排名第1

天文学：A++，全国排名第1

人工智能：A++，全国排名第1

环境科学：A++，全国排名第1

大气科学：A++，全国排名第1

化学：A++，全国排名第2

英语：A++，全国排名第3

哲学：A++，全国排名第3

历史学：A++，全国排名第4

软件工程：A++，全国排名第4

物理学：A++，全国排名第2

新闻学：A++，全国排名第4

汉语言文学：A++，全国排名第4

地理信息科学：A++，全国排名第4

图书馆学：A++，全国排名第4

电子信息科学与技术：A++，全国排名第4

自然地理与资源环境：A++，全国排名第4

社会工作：A++，全国排名第4

社会学：A++，全国排名第4

信息管理与信息系统：A++，全国排名第4

会计学：A++，全国排名第4

考古学：A++，全国排名第4

声学：A++，全国排名第4

水文与水资源工程：A++，全国排名第4

金融工程：A++，全国排名第4

应用气象学：A++，全国排名第4

工业工程：A++，全国排名第4

东南大学

生物医学工程：全国排名第1

艺术学理论：全国排名第2

信息与通信工程：全国排名第7

仪器科学与技术：全国排名第4

电子科学与技术：全国排名第2

交通运输工程：全国排名第2

土木工程：全国排名第2

南京理工大学

武器系统与工程：全国顶尖专业之一

化学工程与工艺：全国顶尖专业之一

自动化：全国顶尖专业之一

这些排名信息基于最新的数据和评估结果，具体排名可能会有变动。建议您在选择专业时，参考最新的专业排名和相关信息。