云南高考的保密分数计算方式如下：

总分构成

必考科目：语文、数学、外语，每科满分150分，总计450分。

选考科目：从物理/历史中选择1门，满分100分，采用原始分计入总分；其他2门选考科目每门满分100分，总计200分，采用等级分计入总分。

等级分计算

选考科目的原始分转换为等级，从高到低划分为A、B、C、D、E共5个等级。

各等级人数比例分别约为15%、35%、35%、13%和2%。

等级赋分以30分作为起点，满分为100分。

计算步骤

首先，将考生在高考中获得的语文、数学、外语的原始分数相加，得到总分。

然后，根据云南省的高考招生政策，将考生的总分乘以一定系数，再与政策规定的加分项相加，得到考生的实际高考分数。

示例计算

假设某考生语文、数学、外语分别为120分、130分、100分，文综（政治、历史、地理）为250分，物理为90分。

总分计算：必考科目总分 = 120 + 130 + 100 = 350分，选考科目总分 = 90（物理），总分 = 350 + 90 = 440分。

等级转换

假设化学、生物、政治、地理的原始分数分别为88分、92分、75分、80分。

等级转换后，假设化学、生物、政治、地理的等级分别为B、A、C、B。

等级赋分后，化学、生物、政治、地理的分数分别为90分、100分、70分、90分。

综上所述，云南高考的保密分数计算方式包括必考科目和选考科目的原始分计算，以及选考科目的等级分转换。最终的总分为750分，其中必考科目总分450分，选考科目总分300分（原始分计入100分，等级分计入200分）。