王源上学晚了一年，主要原因如下：

参加综艺节目缺课：

王源曾参加综艺节目，导致他缺课一段时间。为了弥补这部分课程，他需要额外的时间来学习，因此他的中考时间被延后了一年。

考高中扩招深圳市特长生：

王源为了报考深圳市的重点中学，申请了提前一年参加中考。然而，他的申请最终未能获得批准，因此他不得不按照正常的时间安排报考重点中学，结果导致他的中考时间晚了一年。

综上所述，王源上学晚了一年的原因主要是因为他参加综艺节目缺课以及申请提前参加中考未能获得批准。尽管他上学晚了一年，但他的年龄和所处级别已经达到了进入相应阶段的要求，因此他最终能够顺利进入高中学习。