高考本科率低的原因是多方面的，主要包括以下几点：

考生基数增加：

随着人口增长和高中招生规模的扩大，高考报名人数显著增加，而招生计划并没有与之相应的明显增加，导致本科录取竞争更加激烈。

教育资源分布不均：

在一些省份，如河南、四川等“高考大省”，考生规模庞大，但优质高校资源相对有限，这使得一本率和本科率被拉低。

中考分流政策：

部分省份实行中考分流政策，部分学生在初中毕业后就进入中职或技校，脱离了高考的竞争体系，从而影响了最终的高考本科率。

录取分数线较高：

一些省份的高考录取分数线普遍高于全国平均水平，导致录取率相对较低。

高校数量不足：

部分省份高校数量较少，尤其是重点高校数量有限，无法满足所有考生的需求。

专业录取偏向：

目前高校在招生时更倾向于理科生，文科生可选择的范围较小，这也导致了文科生的录取率相对较低。

社会经济因素：

一些地区的经济发展水平不高，大学数量少，重点大学数量更少，这也影响了本科录取率。

高考模式变化：

例如重庆的高考模式变化，考题难度增加，以及新高考带来的挑战，都可能影响录取率。

个体和群体差异：

考生的身体素质和智商不同，加之复读生数量众多，使得某一分数段的考生竞争激烈，拉低录取率。

教育政策影响：

一些地区的教育政策，如提前批次录取、自主招生等，会占用一定比例的招生计划，影响最终的统招录取率。

综上所述，本科率低的原因是多方面的，既包括考生基数增加、教育资源分布不均、中考分流政策等宏观因素，也包括录取分数线较高、高校数量不足、专业录取偏向等具体政策因素。