南科大参加高考的原因主要有以下几点：

国家教育体系的认可

高考是中国教育体系中的重要组成部分，是选拔优秀人才的重要手段。南科大虽然采用自主招生的方式，但要想获得国家承认的学位，参加高考是必经之路。

公平性和透明度

高考作为一种相对公平、透明的选拔方式，能够确保更多有才华的年轻人有机会进入大学。南科大虽然进行了一些改革尝试，但参加高考可以确保其招生过程的公平性和透明度。

社会认可度

目前，南科大尚未获得国家承认的学位，参加高考可以使其毕业生在社会上获得更高的认可度。这也是南科大在改革过程中必须面对的现实问题。

招生政策的要求

根据中国的教育政策，所有高校，无论其办学模式如何创新，都必须遵循高考这一基本招生程序。南科大也不例外，必须参加高考才能进行招生。

综合素质的评价

南科大虽然强调综合素质的评价，但高考成绩仍然是衡量学生学术能力的重要指标之一。通过高考，南科大可以更全面地了解学生的学术水平和潜力。

综上所述，南科大参加高考是为了符合国家教育体系的要求，确保公平性和透明度，获得社会认可，遵循招生政策，并在综合评价中全面衡量学生的能力。