南京高考高分减少的原因是多方面的，主要包括以下几点：

素质教育与应试教育的矛盾

南京尝试实施素质教育，但在全国普遍应试教育的大背景下，这一做法并不占优势。素质教育强调培养兴趣爱好，而这些活动并不直接转化为文化课程的高分，导致学生在文化成绩上的提升受限。

学习时间分配不均

素质教育导致学生花费大量时间培养兴趣爱好，相比之下，应试教育的学生将三年高中时间几乎全部用于学习文化课程，因此在文化成绩上具有优势。

高考难度

江苏省的高考难度相对较高，且使用的试卷并非全国统一的试卷，而是单独命题，这使得江苏的高考分数线相对较低。

考生数量较少

虽然江苏省人口众多，但每年参加高考的人数却相对较少。以2020年为例，江苏省拥有8000多万人口，但报名参加高考的人数仅为30多万人，远低于其他人口大省。考生数量少意味着竞争压力小，分数线也会相应降低。

教育资源分配

江苏省内不同市县的经济实力和文化底蕴存在差异，一些经济实力较强的市县的学生在高考中表现更为突出，而南京在这些市县的学生面前显得相对普通。

高考加分政策

高考加分政策已经相当严格，南京的素质教育学生无法通过加分来提高高考成绩，这也是导致南京高考分数相对较低的一个原因。

多元化的升学路径

以南京外国语学校（南外）为例，学生更倾向于出国或保送，而非参加国内高考，这导致高考学生基数减少，可能影响南京的高考成绩表现。

竞争提前化的负面效应

大城市家庭对教育的重视程度高，可能导致竞争提前化，南京的学生在早期可能就面临较大压力，而苏北等地区可能在统一中考中表现更佳。

制度限制

南京的教育制度可能限制了中学的训练，例如，周末放假多，集体补课受限，而苏北等地区可能没有这些限制，从而影响了学生的备考效果。

政绩考量

部分南京人可能不愿承认素质教育存在的问题，因为这可能影响他们的政绩评价，并损害相关集团的利益。

综上所述，南京高考高分减少的原因是多方面的，包括素质教育与应试教育的矛盾、学习时间分配不均、高考难度、考生数量较少、教育资源分配、高考加分政策、多元化的升学路径、竞争提前化的负面效应、制度限制以及政绩考量等因素。这些因素共同作用，导致了南京在高考中的表现不如一些其他地区。