南京的自主招生学校包括以下几所：

1. 南京大学

2. 东南大学

3. 南京理工大学

4. 江南大学

5. 南京航空航天大学

6. 河海大学

7. 南京农业大学

8. 中国药科大学

9. 苏州大学

10. 南京工业职业技术学院

11. 江苏经贸职业技术学院

12. 江苏联合职业技术学院

13. 南京交通职业技术学院

14. 南京信息职业技术学院

15. 南京体育学院

16. 南京旅游职业学院

17. 南京科技职业学院

18. 南京化工职业技术学院

19. 南京铁道职业技术学院

建议您根据自己的兴趣和学术背景，仔细研究每所学校的自主招生政策、专业特色和录取要求，以便更好地规划自己的申请策略。