南沙区目前拥有多所本科院校，其中包括：

香港科技大学（广州）：

简称“港科大（广州）”，位于广州南沙区，由广州大学与香港科技大学合作筹备设立的大学，2023年开始招收本科生，首批专业包括人工智能、数据科学与大数据技术、智能制造工程。

广东外语外贸大学：

一所以商务英语为主，经济、外语、管理和文化为辅的多科性大学，是国家“211工程”重点建设的大学之一。

广州大学南沙校区：

提供多个学科的本科教育。

中国科学院大学广州校区：

提供研究生教育和部分本科教育。

广州海洋大学研究生院：

主要提供研究生教育，但也可能有本科教育项目。

广东医科大学（海东校区）：

虽然广东医科大学的主校区不在南沙，但其海东校区位于南沙区。

广州美术学院（佛山校区）：

虽然广州美术学院的主校区不在南沙，但其佛山校区位于南沙区。

中山大学南沙校区：

中山大学在南沙区设有校区，提供本科教育。

广东药科大学：

广东药科大学在南沙区设有校区，提供本科教育。

中山大学南沙科技学院：

中山大学在南沙区设有科技学院，提供本科教育。

中山大学南沙珠江学院：

中山大学在南沙区设有珠江学院，提供本科教育。

广东金融学院：

广东金融学院在南沙区设有校区，提供本科教育。

广州大学南沙科技学院：

广州大学在南沙区设有科技学院，提供本科教育。

广州南沙区国际经济与贸易传媒学院：

全日制大学招生，提供国际经济与贸易、播音与主持艺术、新闻学等热门专业。

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