自主招生存在以下一些不足：

录取标准灵活导致争议和不公平

自主招生的录取标准相对灵活，这可能导致一些争议和不公平现象。由于没有统一的标准，不同高校之间的录取标准可能存在差异，使得一些学生因为某些非学术因素而被录取，而一些优秀的学生则可能因为信息不对称或其他原因而被忽视。

流程复杂，准备和规划要求高

自主招生的流程较为复杂，学生需要提前准备和规划。这包括准备各种报名材料、参加考试、等待录取结果等，这些过程可能会占用学生大量的时间和精力，影响他们的正常学习和生活。

诚信问题

自主招生中存在材料造假的现象，一些学生为了获得录取机会，可能会通过不正当手段来提升自己的材料，这不仅损害了教育公平，也影响了自主招生的公信力。

公平与效率不足

自主招生在公平与效率方面存在不足。一方面，自主招生的报名条件和政策往往有利于教育资源发达地区的学生，这使得农村和贫困家庭的学生处于不利地位。另一方面，自主招生的监管不够严格，过程不够透明，容易滋生腐败现象，如递条子、权钱交易等。

影响高考复习

自主招生可能会打乱学生的复习计划，导致他们在高考前过于浮躁，不利于最后的冲刺。此外，如果学生在自主招生中未能成功，可能会对他们的心理和情绪产生负面影响，甚至影响他们在高考中的表现。

专业选择受限

自主招生的学生可能在专业选择上受到限制，转专业变得更加困难。这可能会影响他们的职业发展和个人兴趣。

实际效果与期望有偏差

自主招生的实际效果与期望之间有不少偏差，自主招生考试与99.9%以上的考生没有直接关系，较大规模自主招生联盟的出现使得自主招生笔试更像另一次高考。此外，自主招生还存在着一个更大的问题，就是其过程的公平性。

学习负担的加重

不少考生和考生家长都会把“自主招生”当成是一条“捷径”，这种认识是错误。这些人往往只看到了人家的“降分”，却看不到这背后的付出。这种学习强度已经成为了很多有自主招生想法的学生需要的过程。

搞竞赛、参加自主招生考试、选拔等都会对其他科目学习造成影响

无论如何准备竞赛，还是从自主招生初审、笔试、面试以及签约等等都是需要付出时间成本的，这些事情牵扯到的精力是肯定会影响到其他科目学习的。

增加了家长压力

中考自主招生需要家长为孩子制定合理的招生计划，这增加了家长的压力。

教育资源的浪费

中考自主招生的实施可能导致教育资源的浪费，因为学生的选择不一定是最合理的。

教育公平性降低

中考自主招生可能导致教育公平性降低，因为家庭经济条件较好的学生可以更容易获得更好的教育资源。

综上所述，自主招生虽然具有一定的优势，如能够选拔出具有特殊才能的学生，但也存在诸多问题和不足。建议考生在参与自主招生时，要充分了解其流程和风险，做好充分的准备和规划，同时也要关注教育公平性问题。