医学院分开招生主要有以下几个原因：

保持录取线稳定：

医学院的分数线通常较低，如果与校本部一起招生，可能会拉低本校的录取线。分开招生可以避免这种情况，确保本校其他专业的录取线不受影响。

吸引优秀人才：

单独招生可以更精准地吸引那些对医学有浓厚兴趣和志向的学生。这些学生通常更愿意投入时间和精力去学医，从而提高医学教育的质量和人才培养的成功率。

避免资源浪费：

如果医学院和校本部一起招生，可能会导致一些被调剂到医学院的学生对医学不感兴趣，毕业后放弃专业，造成教育资源的浪费。分开招生可以确保那些真正有志于从医的学生被录取，从而提高医学教育的整体效果。

提高医学教育的独立性：

医学是一个专业化非常强的学科，需要独立的运行和管理。分开招生可以使医学院在招生、培养和管理上更加独立，有利于形成专业的医学教育模式。

适应政策要求：

一些高校分开招生是为了响应教育部和国家卫生计生委等相关部门的政策要求。例如，《关于医教协同深化临床医学人才培养改革的意见》要求从2015年起，七年制临床医学专业停止招生，调整为“5+3”一体化临床医学人才培养模式。

综上所述，医学院分开招生主要是为了保持录取线的稳定、吸引优秀人才、避免资源浪费、提高医学教育的独立性以及适应政策要求。这种做法有助于提升医学教育的质量和人才培养的效果。