北京和上海的高考保护政策主要基于以下几个原因：

教育资源的不均衡：

北京和上海作为中国的直辖市，拥有较为丰富的教育资源，包括优秀的教师、先进的教学设施和更多的教育机会。这些优势使得这些地区的学生在高考中占据一定的有利条件。

地方保护主义：

为了照顾本地学生，北京和上海的高校在招生时会倾向于录取本地学生。这种做法在一定程度上保护了本地学生的利益，但也引发了其他地区学生的不满和质疑。

政治因素：

北京作为国家的政治中心，其高校在招生过程中可能会考虑到政治因素，如政府高官的子女可能更容易获得录取机会。

经济因素：

上海作为经济发达地区，其考生的整体质量相对较高。高校在招生时可能会考虑到这一点，保留一部分名额给本地学生，以培养高质量的高校学生。

平衡各地学生构成：

高校为了平衡各地学生的构成，会对本校的考生来源加以规划，这种规划在一定程度上也体现了地方保护主义。

总的来说，北京和上海的高考保护政策是多方面因素共同作用的结果，包括教育资源的不均衡、地方保护主义、政治因素、经济因素以及平衡各地学生构成等。这些政策在一定程度上保护了本地学生的利益，但也引发了公平性的争议。