林妙妙在电视剧《少年派》中高考失利的原因主要有以下几点：

偏科严重：

林妙妙在学习上偏科严重，她的文科比理科好太多，这可能导致她在高考中理科成绩不理想，从而影响整体成绩。

母亲的教育方式：

林妙妙的母亲在真人秀节目中表现出对女儿“乖巧”的过度夸赞，这种教育方式可能让林妙妙在学习和生活中缺乏独立性和自主性，影响了她的学习状态和成绩。

青春期的叛逆：

林妙妙正处于青春期，叛逆期可能让她没有足够的时间和精力投入到高考复习中，导致成绩下滑。

其他因素：

虽然文中没有详细说明，但也可以推测其他一些因素如心理压力、健康问题等也可能对林妙妙的高考成绩产生负面影响。

综上所述，林妙妙高考失利的原因是多方面的，包括学习上的偏科、母亲的教育方式、青春期的叛逆以及其他可能的心理和生理因素。