在新疆二本招生的院校包括：

1. 新疆医科大学

2. 新疆第二医学院

3. 新疆师范大学

4. 新疆财经大学

5. 新疆农业大学

6. 喀什大学

7. 塔里木大学

8. 新疆工程学院

9. 新疆理工学院

10. 新疆科技学院

11. 新疆政法学院

12. 新疆天山职业技术大学

13. 伊犁师范大学

14. 新疆艺术学院

15. 昌吉学院

16. 新疆警察学院

建议考生根据自身成绩和兴趣，选择合适的院校和专业进行报考。