高考南北分卷的原因主要与以下几个因素有关：

经济和文化重心南移：

自宋朝起，经济和文化的重心已经转到了南方，南方在人口、经济和教育事业等方面对北方形成了碾压之势。这种不平衡导致了南北方在科举考试中的表现存在显著差异。

科举考试的历史背景：

明朝时期，由于南方经济富庶而北方战乱频繁，南方学子的学识普遍比北方学子高。为了平衡这种差异，明仁宗朱高炽接受了大学士杨士奇的建议，实行南北分卷，即在试卷上糊名，外书南北，按南六北四的比例录取考生。

地域发展不平衡：

由于我国地域广阔，各地教育资源不均衡，如果高考采用统一试卷的方式，会导致绝对公平下的不公平。分地域考不同的试卷，可以在一定程度上缓解这种不公平。

维护政治平衡：

朱元璋为了平息北方考生的怨气，采取了南北分卷制度，并且后来还设立了复试环节。这种制度也在一定程度上维护了朝廷中南北势力的平衡。

综上所述，高考南北分卷是为了在教育资源分布不均和地域发展不平衡的背景下，尽量实现教育公平和政治平衡。这种制度虽然在一定程度上牺牲了绝对的公平，但在当时的历史条件下，是一种相对合理的解决方案。