根据最新的2025年赣州大学排名，以下是赣州市主要高校的排名情况：

本科院校排名：

江西理工大学 - 全国排名第138，办学层次为中国高水平大学。

赣南师范大学 - 全国排名第273，办学层次为区域高水平大学。

赣南医科大学 - 全国排名第393，办学层次为区域知名大学。

赣南科技学院 - 全国排名第518，办学层次为区域知名大学。

赣南师范大学科技学院 - 全国排名第126，办学层次为区域知名应用型大学。

专科院校排名：

江西应用技术职业学院 - 全国排名第5，办学层次为中国顶尖高职院校。

江西环境工程职业学院 - 全国排名第9，办学层次为中国顶尖高职院校。

赣州师范高等专科学校 - 全国排名第126，办学层次为区域一流高职院校。

赣南卫生健康职业学院 - 全国排名第160，办学层次为区域高水平高职院校。

赣州职业技术学院 - 全国排名第227，办学层次为区域高水平高职院校。

总结：

赣州市的大学中，江西理工大学和赣南师范大学是排名最高的本科院校，而江西应用技术职业学院则是排名最高的专科院校。

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