上海高考只考三科的原因主要包括以下几点：

社会需求与经济发展相匹配：

上海的经济发展迅速，对高素质人才的需求量大。三科考试主要是为了满足上海市对人才的需求，使得高考与社会需求相匹配。

减轻学生考试压力：

三科考试的考试量相对较小，能够减轻学生的考试压力，同时也有利于提高考试质量。

突出学科特长：

每个考生的学科特长不同，减少考试科目可以更好地体现学生的学科特长，使其在高考中表现更好，从而实现高中三年的学习成果。

教育发展与课程改革：

高中三年的课程主要分为文、理、工和商科四个方向，而三科考试可以更好地切合这四个方向，使学生在后续的专业选择和职业发展中更加专业化。此外，减少考试科目的同时，可以让学生学习更加深入，提高学科底线和素质。

专业性分科考试：

只考三科可以让高校更精准地招收符合其学科特长标准的学生，培养更具专业性的人才，同时也减轻了考生的负担。

考试形式与时间安排：

上海高考实际上包含了大三门（语数外）和小三门（从物理化学生物地理政治历史中任选三门），大三门通过高考形式组织考试，小三门则以等级考的形式进行，分别在高二期末和高三期末。这种安排使得高考看起来只考语数外三门，实际上另三门提前考了。

综上所述，上海高考只考三科是为了更好地适应社会需求、减轻学生负担、突出学科特长、促进教育发展和课程改革，以及实现专业性分科考试的目标。这种考试模式有助于培养学生的专业素养和综合能力，提高高考的公平性和有效性。