高考六科只考两天的主要原因如下：

考试科目数量：

虽然高考包含六门学科，但理科综合和文科综合实际上是三门学科的合并，因此总共有四门考试科目。这种设置使得考试时间可以紧凑地安排在两天内完成。

考试安排：

高考通常采用“3+X”或“2+X”的模式。在“2+X”模式中，第一天考语文和数学，第二天考外语和综合（理科综合或文科综合），这种安排使得考试能够在两天内完成。

考试时长和节奏：

为了确保考试的公平性和准确性，以及考生的身心健康，将考试分成两天进行是更为合理的选择。每天考两门科目，中间有适当的休息时间，有助于考生保持良好的状态。

避免疲劳：

如果将所有六门科目安排在一天内进行，考生需要连续考试数个小时，容易疲劳和出现失误，影响考试成绩。因此，将考试分成两天进行，不仅能够保证考试的公正性和准确性，还能够保护考生的身心健康。

综上所述，高考六科只考两天是因为考试科目数量的实际减少（四门而非六门），以及为了保障考试质量和考生健康的合理安排。