南京的高考成绩相对较差的原因是多方面的，以下是一些可能的因素：

教育体制问题

南京在推行素质教育方面较为积极，而全国大部分地区仍然以应试教育为主。这种差异导致南京的学生在高考中处于不利地位，因为应试教育强调文化课程的学习和记忆，而素质教育则注重培养兴趣爱好和综合素质。

学习时间分配

素质教育往往需要花费大量时间培养兴趣爱好，而这些活动可能会挤占原本用于学习文化课程的时间。导致学生在高考前对文化课程的掌握不够深入，影响了成绩。

教育资源和投入

南京虽然经济实力雄厚，文化底蕴深厚，但在教育资源分配和投入上可能存在不均衡的情况。一些学校和教师可能没有获得足够的支持，导致教育质量参差不齐。

政绩考核压力

南京的部分教育者和干部可能不愿意承认素质教育存在的问题，因为这将影响他们的政绩考核和仕途。这种态度可能导致教育资源的浪费和错误的教育方向。

学生选择

南京有一些优秀的学生选择进入国际学校或出国深造，而不是参加国内的高考。这些学生往往在高考中表现出色，但不参加高考的学生数量增多，也会拉低整体的高考成绩。

教育环节问题

南京的教育在不同学段表现不同，小学和初中阶段表现较好，但高中阶段的教学强度、效率和目标与县中相比存在差距，导致高考成绩不理想。

高分段学生数量少

南京在高分段学生数量上相对较少，能够进入清华北大的学生寥寥无几。这表明南京在培养顶尖学生方面存在不足。

综上所述，南京的高考成绩较差是多种因素共同作用的结果，包括教育体制、学习时间分配、教育资源投入、政绩考核压力、学生选择、教育环节问题以及高分段学生数量少等。要改善南京的高考成绩，需要从多个方面入手，综合施策。