根据最新信息，云南省昭通市共有三所高等院校，其中本科院校一所，高职（专科）院校两所。具体排名如下：

本科院校：

昭通学院位列昭通市本科院校首位，在2025年校友会中国大学排名中位列全国第393名。该校作为省属应用型本科院校，办学历史可追溯至1906年师范传习所，现设21个本科专业，涵盖文、理、工、农等多学科，是昭通及周边地区人才培养和科研的重要基地。

高职院校：

昭通卫生职业学院 在昭通市高职院校中排名第一，开设护理、医学检验技术、中医学等专业，拥有临床技能、护理技能等实验实训中心及多家附属医院和实习基地，是乌蒙山片区卫生人才培养的核心机构。

昭通职业学院 为另一所公办高职院校，专业设置侧重职业教育，录取分数线低于昭通卫生职业学院。

需注意的是，不同排名依据有所差异：校友会排名侧重综合实力评价，而分数线排名反映考生报考热度。建议考生结合学科优势、专业方向及个人兴趣综合选择。