截至2025年，日本诺贝尔奖得主毕业院校的排名可根据现有资料综合整理如下：

东京大学

累计培养诺贝尔奖得主12人（含校友及教职人员），涵盖物理学奖、化学奖、生理学或医学奖及文学奖。其优势学科包括物理学、材料科学与医学，研究成果具有全球影响力。

京都大学

共产生8位诺贝尔奖得主，主要集中在自然科学领域（物理、化学、生理学或医学），其学术传统以自由探索和基础研究著称，尤其在量子化学与粒子物理领域贡献突出。

名古屋大学

培养5位诺贝尔奖得主，研究方向聚焦于物理学与化学，其科研团队在对称性破缺理论与粒子物理领域取得突破性成果。作为日本最年轻的旧帝国大学，其科研投入与学术资源丰沛。

大阪大学

拥有2位诺贝尔奖得主，研究领域涵盖医学与化学，其医学研究所在免疫学与传染病学领域具备国际竞争力。

东北大学

累计1位诺贝尔奖得主，材料科学与医学为其传统优势学科，科研体系注重产学研结合。

其他院校：

东京工业大学（1位，物理学）、北海道大学（1位，医学）、长崎大学（1位，医学）等院校在细分领域亦有贡献。

说明：

上述排名基于不同来源对校友及教职人员的综合统计，部分数据差异源于统计口径（如是否包含合并前院校的获奖者）。日本高校在自然科学领域的持续突破，与其长期重视基础研究、产学研协同及科研资源集中投入密切相关。