2012年山东省内高校的综合排名因评价体系不同存在差异，主要来源于武书连《中国大学评价》课题组及山东省高等教育评估所发布的排名。综合多方数据，排名如下：

山东大学：稳居省内首位，在武书连全国综合排名中位列第13名，山东省高等教育评估所的重点大学排名中列第11位，体现出其学术实力与综合影响力。

中国海洋大学：作为“985工程”高校，武书连排名全国第56位，省内第二；但在山东省评估所的榜单中，该校在重点大学中位列第53名，显示不同评价体系下的名次波动。

中国石油大学（华东）：另一所“211工程”高校，武书连排名全国第87至89名，省内第三；山东省评估所将其列为重点大学第45名，反映其工科特色与科研优势。

青岛大学：在武书连排名中居省内第四（全国98名），山东省评估所将其列为一般大学第43名，综合实力较强。

山东农业大学：在山东省评估所的一般大学排名中居第13位，武书连排名全国104位，凸显农业学科优势。

山东师范大学：武书连排名全国112位，山东省评估所列为一般大学第15位，师范类院校领先。

其他高校如山东科技大学、青岛科技大学、曲阜师范大学、济南大学等在不同榜单中排名存在差异，但均属省内前列。需注意，山东省高等教育评估所的排名更注重教学质量与科研水平，而武书连排名侧重综合实力，因此部分院校如中国石油大学（华东）在不同榜单中位次差异较大。此外，山东财经大学因2012年尚未合并组建，未进入当年排名。