南通市现有高等教育机构中，南通大学是唯一通过合并形成的综合性大学，其综合实力位居全市高校首位。该校由原南通医学院、南通工学院、南通师范学院于2004年合并组建，现为江苏省人民政府与交通运输部共建高校，入选江苏高水平大学建设高峰计划。根据最新排名数据显示，南通大学在2024年武书连中国大学综合实力排名中位列第100位，软科中国最好大学排名第159位，校友会中国大学排名第159位，金平果本科院校竞争力排名第143位，呈现稳中有升的发展态势。

其他具有较高办学水平的高等院校包括：南通理工学院（民办本科）、江苏工程职业技术学院（国家“双高计划”高水平专业群建设单位）、南通职业大学（全国首批公办高职院校）等。需要说明的是，南通卫生健康职业学院作为正在筹建中的市属公办专科院校，由三所卫生类中专合并组建，目前尚未正式招生，暂不参与现有高校排名体系。各院校在办学层次、专业特色方面存在显著差异，建议根据具体需求选择参考不同类别高校的专项评估数据。