日本大学普遍实行单独招生制度，主要原因包括以下几点：

大学独立性强：

每所日本大学都有自己独立的招生标准和程序，包括统一留学生考试和各个大学自行组织的考试。这种制度使得每所大学能够根据自己的需求和特色来选拔学生。

多次招生机会：

日本大学通常一年进行多次考试，学生可以根据自身情况选择合适的时间参加考试，增加了考上的机会。

竞争相对较少：

由于日本人不太喜欢考研，考研的竞争对手相对较少，同时名额较多，这使得考研变得更加容易。

招生灵活性：

单独招生制度允许大学根据自身的教育理念和招生需求，灵活调整招生名额和考试标准，从而更好地适应社会和教育的发展需求。

综上所述，日本大学实行单独招生制度，旨在提高招生效率和质量，满足各大学的教育需求，并为学生提供更多的升学机会。