根据权威教育评价机构发布的2016年广东省高校综合实力排名，结合学科建设、科研水平及社会影响力等维度，广东省内主要高校的排名如下：

一、公办本科院校综合排名（前10位）

中山大学：位列全国第10，省内第一，拥有多个国家级重点学科，涵盖生态学、工商管理等A+学科，是国家“985工程”和“211工程”重点建设高校。

华南理工大学：以工科见长，工程学、材料科学等学科进入ESI全球前1‰，综合实力居全国前列。

暨南大学：在华侨教育领域具有独特优势，人文社科与医学学科表现突出。

华南师范大学：教育学、心理学等学科实力强劲，为教育部直属师范类重点高校。

深圳大学：依托特区资源快速发展，计算机科学、光学工程等学科跻身国内一流。

南方医科大学：医学领域优势显著，临床医学、基础医学等学科竞争力强。

华南农业大学：农学、兽医学等学科处于全国领先地位。

广东外语外贸大学：外语类及国际经贸学科特色鲜明。

汕头大学：国际化办学特色突出，医学和工程学科发展迅速。

广州中医药大学：中医学、中药学等学科为传统优势领域。

二、独立学院与民办高校排名（前5位）

吉林大学珠海学院：综合实力居全国独立学院首位。

北京师范大学珠海分校：以教育学、管理学为特色。

华南理工大学广州学院：工科应用型人才培养优势突出。

中山大学南方学院：商科、传媒学科具备竞争力。

广州商学院：民办高校榜首，财经类专业实力较强。

三、学科建设亮点

中山大学：3个学科入选中国七星级（世界知名高水平），7个学科为六星级（中国顶尖）。

华南理工大学：4个学科进入ESI全球前1‰，工科整体实力稳居全国前十。

深圳大学：计算机科学与技术、光学工程等学科为广东省高峰学科。

说明

不同排名体系侧重点有所差异。例如，部分榜单以录取分数线为依据，香港中文大学（深圳）等中外合作办学机构可能位列前茅，但其招生范围与评价标准与普通高校存在差异。上述排名综合参考了学科评估、科研成果及综合竞争力，反映2016年广东省高校的整体格局。