长崎大学在全球高等教育排名中因参考机构不同而存在差异。根据2025年QS世界大学排名，该校位于第851-900位区间，较近年排名呈现波动趋势。在泰晤士高等教育（THE）2024年排名中，其位列第1201–1500名区间；上海交通大学2024年世界大学学术排名（ARWU）则将其列为第842位。

该校作为日本国立研究型大学，医学、公共卫生与预防医学等学科具有传统优势，其中基础医学、流行病学等专业在2025年全球学科排名中位列第401位。作为日本牵引国际化人才计划及卓越研究生院计划入选高校，其国际化程度较高，国际研究生比例达67.15%。需注意不同排名体系侧重点各异，QS侧重学术声誉与师生国际化，THE注重教学与研究指标，ARWU则偏重科研成果。建议结合具体学科排名及学术方向进行综合评估。