柏林洪堡大学共设有11个专业学院及各种中心研究所，提供224个专业，涵盖人文、社会、文化、人类医学、农业、医学和自然科学等领域的所有基础学科。具体专业包括：

哲学 （Philosophy）

历史学 （History）

考古学 （Archaeology）

地理学 （Geography）

现代语言学 （Modern Languages）

法学及法律研究 （Law and Legal Studies）

生命科学学院 （包括生物、农学与园艺）

数学与自然科学学院 （包括地理、数学、计算机、心理、化学、物理）

夏利特医学院 （与柏林自由大学合办）

社会性科学 （全德国唯一开设的学科）

此外，柏林洪堡大学还在2025年冬季推出了全英文授课的LL.M.（Master of Laws）项目，专业方向包括司法与安全、创新与转型、法律与社会等。

建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的专业，并关注学校官方网站获取最新的课程信息和招生要求。