2025年高考鄂尔多斯539分能上的大学包括 鄂尔多斯应用技术学院 。根据2025年校友会中国大学排名，鄂尔多斯应用技术学院综合实力最强、办学水平最高、最具竞争力，位居全国第508名，并且位居2025鄂尔多斯市大学排名首位。

此外，参考2024年内蒙古自治区的高考录取数据，539分对应的大学及专业名单，也可以作为参考。虽然这些数据是针对2024年的，但它们仍然可以为2025年的考生提供一定的参考价值。具体的大学名单包括山东科技大学、江南大学、长春理工大学、中国地质大学（武汉）、河南科技大学等。

建议考生在选择大学时，综合考虑自己的兴趣、专业方向和学校的综合实力，同时也可以参考往年的录取数据和排名，以便做出更为明智的选择。