宁波大学东海研究院依托宁波大学的综合性大学优势，形成了多个研究方向，涵盖多个学科领域。主要学科和对应方向如下：

水产学 ：

水产品贸易与渔业经济管理

微生物与水域生态

应用经济学 ：

产业经济学

生态经济学

法学 ：

海洋权益维护

海洋治理及全球海洋治理中的法律与政策研究

地理学 ：

滨海人文地理学与国土空间治理

自然资源与环境治理

交通运输工程 ：

港口规划与管理

船舶与海洋工程 ：

节能减排与绿色航运

生态学 ：

生态过程与环境效应

资源利用与生态保护技术

遥感监测技术

环境科学 ：

海洋防污染技术

碳汇技术

节能减排技术

这些学科和研究方向共同支撑了东海研究院在海洋经济、海洋生态和海洋治理三个主要领域的研究工作，致力于为海洋事业发展提供智力支持和科技创新。