南京的自主招生学校包括以下几所：

南京大学

东南大学

南京理工大学

河海大学

南京航空航天大学

江南大学

中国药科大学

南京农业大学

苏州大学

南京工业职业技术学院

江苏经贸职业技术学院

江苏联合职业技术学院

南京交通职业技术学院

南京信息职业技术学院

南京体育学院

南京旅游职业学院

南京科技职业学院

南京化工职业技术学院

南京铁道职业技术学院

南京师范大学

南京信息工程大学

南京工业大学

南京邮电大学

南京医科大学

南京中医药大学

南京林业大学

南京工程学院

南京传媒学院

南京外国语学校

南京师范大学附属中学

金陵中学

南京一中

中华中学

第二十九中学

请注意，以上信息可能随时间变化，建议直接咨询相关学校或查看最新的招生简章获取最新信息。