清北（清华大学和北京大学）不能分开招生的主要原因是 录取规则和政策限制 。具体来说：

录取规则 ：清华大学和北京大学在每年招收新生时，只录取第一志愿填报本校的考生。如果考生在填报志愿时选择了两所院校，则非第一志愿的院校将被视为无效志愿，因为这两所学校只考虑第一志愿的考生。

政策限制 ：虽然存在一些关于高中招生不能跨区域的政策，但这主要是为了县域教育，保护本地教育资源，并不直接影响清华大学和北京大学的招生方式。此外，这种政策可能会限制学生获得更优质教育资源的权利，但并不是清北不能分开招生的直接原因。

综上所述，清北不能分开招生的主要原因是录取规则和政策限制，即考生必须在填报志愿表的第一自愿栏填上心仪的院校，且不能兼报其他院校。