学校自主就餐的弊端主要包括以下几个方面：

缺乏竞争机制 ：

学校食堂缺乏外部竞争，导致服务人员缺乏提升工作质量的动机。学生不得不选择食堂就餐，即使服务质量和效率不高，选择空间也十分有限，这可能导致服务人员不思进取，消极懈怠。

管理制度不健全 ：

食堂管理缺乏严格系统的机制，激励机制不健全，员工工作积极性不高，甚至态度恶劣，加剧了学生与食堂之间的矛盾。

成本控制失效 ：

从原料采购到食品加工制作，各环节缺乏严格的监督与检查，资源浪费现象严重，导致食堂长期处于亏损状态，影响学校的财务管理效率。

缺乏专业的膳食研究 ：

食品搭配不科学，菜品花样长期不变，烹饪技术相对单一，影响学生对餐饮服务的评价。

专业水平有限、服务质量低下 ：

受厨师规模和水平的限制，无法进行厨艺交流，菜品种类更新慢，水平提升慢，饭菜质量难保证，服务质量难提高。

行政成本高、生产效率低 ：

自办食堂运行机制落后，非生产人员多而行政成本高，劳动生产率低下。食品原材料采购成本高，加工过程中浪费过多，导致食堂效率效益差，经济负担加重。

采购成本高，管理效益低下 ：

由于就餐规模有限，无法享受规模效应带来的成本谈判优势，采购成本比规模连锁企业高很多。

缺乏有效监管，安全风险较高 ：

学校缺乏专业的监督管理人员，食品安全监管不到位，深层次的质量监督和质量检查做不到，容易发生交叉感染，存在较大的潜在风险。

食品种类单一，营养不均衡 ：

食谱单一，菜品花样缺乏变化，难以满足学生的营养需求，影响学生的健康。

就餐环境不佳 ：

食堂面积较小，就餐环境拥挤，学生在就餐过程中容易产生情绪不适。

价格过高 ：

食堂饭菜价格过高，许多学生家庭经济拮据，难以承受。

管理不规范 ：

食堂管理常常不规范，可能存在食品安全问题，食品供应商履约不力等问题。

综上所述，学校自主就餐存在诸多弊端，包括管理不善、成本控制失效、食品安全风险高、营养不均衡、就餐环境差、价格过高等问题。建议学校在自主经营食堂时，应加强管理，提高服务质量，优化成本控制，确保食品安全和营养均衡，改善就餐环境，合理定价，以更好地满足师生的需求。