选择航道工程专业承包公司时，可以参考以下几点：

公司口碑和知名度

选择有良好口碑和高知名度的公司，如企晟科技，这样的公司通常服务质量高，效率高，能够更好地满足客户需求。

资质等级

根据项目需求选择相应资质等级的公司。一级资质公司通常具有更强的技术实力和管理能力，能够承担更复杂的工程。

企业资产和技术装备

选择资产雄厚、技术装备先进的公司，如拥有2000立方米以上自航耙吸式挖泥船等，这样的公司能够保证工程质量和进度。

人员资质和经验

查看公司的主要人员资质，包括一级注册建造师、技术负责人、职称人员等，确保这些人员具有丰富的工作经验和专业背景。

工程业绩

选择有丰富工程业绩的公司，特别是近5年内承担过类似工程的公司，这可以证明其技术实力和实践经验。

服务质量

了解公司的服务流程和质量保证措施，选择能够提供全方位服务和优质售后支持的公司。

价格

在满足其他条件的基础上，比较不同公司的报价，选择性价比高的公司。

通过以上几点，可以全面评估和选择合适的航道工程专业承包公司，确保项目的顺利进行和高质量完成。