南京高考分数相对较低的原因是多方面的，主要包括以下几点：

素质教育与应试教育的矛盾 ：南京尝试实施素质教育，但在全国普遍应试教育的大背景下，这一做法并不占优势。素质教育强调培养兴趣爱好，而这些活动并不直接转化为文化课程的高分，导致学生在文化成绩上的提升受限。

学习时间分配不均 ：素质教育导致学生花费大量时间培养兴趣爱好，相比之下，应试教育的学生将三年高中时间几乎全部用于学习文化课程，因此在文化成绩上具有优势。

高考难度 ：江苏省的高考难度相对较高，且使用的试卷并非全国统一的试卷，而是单独命题，这使得江苏的高考分数线相对较低。

考生数量较少 ：虽然江苏省人口众多，但每年参加高考的人数却相对较少。考生数量少意味着竞争压力小，分数线也会相应降低。

教育资源分配 ：江苏省内不同市县的经济实力和文化底蕴存在差异，一些经济实力较强的市县的学生在高考中表现更为突出，而南京在这些市县的学生面前显得相对普通。

高考加分政策 ：高考加分政策已经相当严格，南京的素质教育学生无法通过加分来提高高考成绩，这也是导致南京高考分数相对较低的一个原因。

其他因素 ：包括政绩问题、学生综合素质高、竞争提前化的负面效应、杰出人才涌现率不高等。

综上所述，南京高考分数较低的原因是多方面的，包括素质教育与应试教育的矛盾、学习时间分配不均、高考难度、考生数量较少、教育资源分配以及高考加分政策等因素。这些因素共同作用，导致了南京在高考中的表现不如一些其他地区。