上海高考的40分是通过等级赋分制来计算的。具体来说，选考科目的原始分数是每科100分，但根据考生的比例进行等级赋分，等级从高到低分为A+、A、B+、B、B-、C+、C、C-、D+、D、E共11个等级，每个等级之间相差3分。等级越高，赋分越高，最高等级A+的赋分为70分，最低等级E的赋分为40分。

因此，上海高考40分是通过等级赋分制得出的最低赋分，对应的是选考科目成绩排名在全市后5%的学生所对应的等级E。