上海平行志愿的投档原则是“分数优先，遵循志愿，一次投档”。具体投档过程如下：

排序 ：首先将所有满足该批次分数线的考生（不包含前面批次已被录取的考生）从高分到低分排序（同分考生按同分排序原则进行排序），使每个考生都确定自己所处的位置。

检索（分档） ：将考生档案分到各院校专业组。由计算机将排好序的考生队列从高分到低分逐个进行检索，检索到的考生，根据志愿顺序，依次检索其所填的各院校专业组。当某一院校专业组已分得的档案数小于计划数时，将该考生档案分到该院校专业组，结束该考生处理并开始后续考生的分档；如果该考生所有填报的志愿均检索完毕后仍未能成功分档，那么也结束该考生处理并开始后续考生的分档。

投档 ：当该批次考生队列检索完毕后，对分好的本批次档案定向投在院校专业组。这个过程是一次性同时完成的。

在投档前，还会进行模拟投档，最终按实到计划1:1比例正式投档。

需要注意的是，平行志愿投档后，考生档案一经投出或录取，不补档，不补录。所有已录取的考生，一律不能退档，不能换录到其它学校或院校专业组。

建议考生在填报志愿时，充分了解各批次的投档规则和顺序，合理设置志愿顺序，以提高录取机会。