自主招生没有学籍的主要原因在于 学生没有通过正式录取程序 。具体来说，根据《普通高等学校学生管理规定》，按照国家招生规定录取的新生，必须持录取通知书到校办理入学手续，复查合格者才能予以注册，取得学籍。如果学生未通过自主招生的正式录取程序，或者未被民办学校正式录取，那么他们将无法建立全国统一的普通高中学籍，也不能取得在校普通高中学生学业水平考试考籍，最终无法获得普通高中毕业证书。

此外，对于某些特殊情况，如学生因各方面原因未能及时办理学籍，学校会进行相应的处理，但这并不属于自主招生没有学籍的范畴，而是学籍管理过程中的个别情况。

综上所述，自主招生没有学籍的核心原因是学生未通过正式录取程序，导致未能注册取得学籍。建议学生在参加自主招生时，务必关注录取结果和入学手续的办理，以确保能够顺利取得学籍。