2025年高考西宁539分能上的大学包括：

西安理工大学（公办，陕西，历史类）

中南民族大学（公办，湖北，不限科目）

南京艺术学院（公办，江苏，艺术类专业）

上海政法学院（公办，上海，不限科目）

沈阳建筑大学（公办，辽宁，不限科目）

此外，根据2025年西宁市的大学排名，青海大学位居第一，青海大学昆仑学院位居第二，青海职业技术大学位居第三，青海农牧科技职业学院位居第四。这些学校都是西宁市的知名院校，具体专业设置和录取分数情况建议进一步查阅相关院校的招生简章和录取分数线。