绝大多数高校都使用知网查重系统进行论文查重，具体包括：

硕博研究生论文 ：95%的高校使用知网查重系统，因为研究生论文的学术性要求较高，知网查重的文献库最全面。

本科毕业论文 ：国内重点高校和大多数全日制高校使用知网查重系统，但并非所有本科高校都使用知网，部分高校可能使用维普、万方或其他查重系统。

建议：

研究生：强烈推荐使用知网查重，因为其文献库全面且权威性高。

本科生：如果学校没有特别指定，建议使用知网查重，以确保查重结果的准确性和权威性。

此外，虽然大部分学校使用知网查重系统，但也有部分学校使用其他查重系统，如维普、万方等。因此，具体使用哪个查重系统，还需根据所在学校的要求来决定。