中国农业科学院的学科专业涵盖了多个领域，主要包括以下几类：

农学门类 ：

作物遗传育种

作物栽培

蔬菜学

茶学

土壤学

植物营养学

植物病理学

农业昆虫与害虫防治

动物遗传育种与繁殖

动物营养与饲料科学

预防兽医学

理学门类 ：

生物化学与分子生物学

工学门类 ：

食品科学

管理学门类 ：

涉及农业管理的相关学科

此外，农科院还根据农业科技发展实际和学科建设需要，自主设置了一批特色学科，如：

农产品质量与食物安全

作物信息科学

观赏园艺

农业区域发展

农业遥感

生物安全

动物信息科学

中兽医学

这些学科专业大多依托于国家或部级重点实验室，研究实力较强，导师水平较高，获奖成果也较多，是农业科研单位中的优势学科。