海淀区研究院的专业设置如下：

研究生院本部 ：位于北京市海淀区中关村，主要从事研究生教育和科学研究工作。

计算技术研究所 ：位于北京市海淀区中关村，主要从事计算机科学和技术的研究与教育。

光学工程研究所 ：位于北京市海淀区中关村，主要从事光学工程和光通信的研究与教育。

化学研究所 ：位于北京市海淀区中关村，主要从事化学、材料科学和环境科学的研究与教育。