自主招生毕业后，学生将获得 正式学历证书 。具体来说，通过自主招生录取的学生，其毕业证与通过普通高考录取的学生并无区别，都是由所就读的高校颁发的正式学历证书。这些证书在认可度和待遇上与通过高考录取的学生相同，都是国家承认的全日制普通高等教育本科文凭。

因此，无论是本科层次还是专科层次的自主招生，学生在完成规定的学业要求并通过毕业考核后，都将获得相应的毕业证书，且该证书与通过普通高考录取的学生所获得的证书具有相同的认可度和待遇。