军校不在上海招生的原因主要有以下几点：

招生对象不同 ：军校主要面向现役军官和士兵招生，而不是面向地方高考生。例如，国防大学和指挥学院等中级指挥院校以及高级指挥院校主要面向现役军官招生，而士官学校和部分初级指挥院校主要面向现役士兵招生。

名额限制 ：即使是从地方高考招生的军校，也不是每年每个省都有名额。具体能报什么军校，要以考生高考那年学校发下来的招生简章为准。

地区差异 ：上海的高考人数相对较少，竞争激烈，而且军校在上海的招生名额可能也较少。这可能是上海考生能报考的军校数量较少的原因之一。

综上所述，军校不在上海招生主要是因为其招生对象和名额的限制，以及地区差异等因素。