三元县至少有一所本科高校，即三明学院。

三明学院简介

办学历史 ：三明学院是一所省属全日制普通本科高校，其办学历史可以追溯到1903年12月12日正式开学的全闽师范学堂，这是福建近代师范教育的开端。

学院设置 ：学院设有14个二级学院和50个本科专业。

文化意义 ：三明学院被誉为“闽师之源”，因为它是福建师范大学的发源地。

其他教育机构

广州民航职业技术学院 ：位于三元里街道，是一所专注于民航领域教育的院校。

广州中医药大学 ：同样位于三元里街道，是一所提供中医药教育的重点大学。

结论

综上所述，三元县至少有一所本科高校——三明学院，以及两所位于三元里街道的院校，分别是广州民航职业技术学院和广州中医药大学。这些学校为当地居民提供了多样化的教育选择。